Al snel kwamen de eerste razzia's. De nazi’s hadden het eerst gemunt op de buitenlandse Joden en politieke tegenstanders. Op 22 juni 1941 begon Operatie Zonnewende, een arrestatiecampagne tegen communisten, Russische migranten en antifascisten, tegelijk met de inval van de Sovjet-Unie door nazi-Duitsland. Bekende communistische figuren doken onder om aan de repressie te ontkomen. Doorheen Brussel stapte het verzet al snel over tot de gewapende strijd. Op 12 maart 1941 ontploften er bommen aan de Beurs, tijdens een parade van de Waalse Oostfronters. Een Molenbeekse communist en Spanjestrijder werd ter plekke
aangehouden en beschuldigd van terrorisme. Hij was in Moskou opgeleid voor de guerrilla en had voordien al een molotovcocktail door het raam van zijn werkgever gegooid. Verzetslieden verspreidden ook propaganda, organiseerden stakingen en verzamelden inlichtingen. Molenbekenaars van het Onafhankelijkheidsfront en het Geheim Leger namen deel aan een staking van de Brusselse postbodes. Ze werden enkele dagen later opgepakt. Binnen de lokale
politie lijkt een cel van de Groep Zéro actief geweest te zijn. In de Prinsesstraat 18 ontmantelde de Gestapo op 25 mei 1942 de geheime drukkerij van La Libre Belgique. De Gewapende Partizanen overvielen twee keer het Molenbeekse gemeentehuis. Duizenden liters benzine werden in brand gestoken op de site van Thurn en Taxis.
In oktober 1942 spande de Gestapo via een infiltrant een valstrik in het nabijgelegen Wemmel. 26 verzetsleden werden aangehouden. De jonge Molenbekenaar
Jean Haesaert kreeg een kogel in het hoofd. De operatie strikte leidinggevende figuren en zorgde voor meerdere arrestatiegolven. Geheime agenten, verklikkers en collaborateurs waren overal en teisterden de bevolking. De razzia's werden steeds talrijker en dwongen Joden en werkweigeraars om onder te duiken.
Ondertussen ontsnapte
David Herszaft uit het zeventiende konvooi naar Auschwitz-Birkenau. Als Joodse Poolse migrant had hij voor zijn deportatie dwangarbeid verricht in Noord-Frankrijk. Hij keerde terug naar Molenbeek om zich daar bij het verzet aan te sluiten. Hij dook samen met Camille De Roeck onder in de Koorstraat. Maar de kompanen werden ontdekt en opgepakt. In hun schuilplaats vonden de nazi’s bundels illegale kranten, twintig pakketten explosieven, handgranaten en een voorraad geweer- en pistoolkogels.
Op 12 december 1942 werden de twee geëxecuteerd, als wraak voor de Brusselse moord op een Vlaamse SS-officier. Het antwoord van de Molenbeekse verzetsgroepen liet niet op zich wachten. De rexistische apotheker Henry Martin en zijn assistent werden diezelfde dag nog neergeknald. De winkel van een andere rexist werd vernietigd. Het sluikblad La Lutte beloofde dat al de collaborateurs zouden boeten voor de dood van hun kameraden en het verraad van hun volk.